KSeF i rozliczenia z NFZ – dokumentowanie świadczeń medycznych

Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji indywidualnej z dnia 24 czerwca 2026 r. sygn. 0114-KDIP4-2.4012.190.2026.2.MC zajął stanowisko w przedmiocie sposobu dokumentowania rozliczeń pomiędzy podmiotami leczniczymi a Narodowym Funduszem Zdrowia. Organ uznał, że świadczeniodawcy objęci obowiązkiem korzystania z KSeF nie mogą dokumentować usług medycznych finansowanych przez NFZ wyłącznie rachunkami, nawet jeśli taki sposób rozliczeń wynika z przepisów rozporządzenia Ministra Zdrowia regulującego wzajemne rozliczenia pomiędzy NFZ a świadczeniodawcami.

Czego dotyczyła interpretacja?

Sprawa dotyczyła podmiotu leczniczego świadczącego usługi zwolnione z VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (spółka z o.o.). Spółka wskazywała, że zgodnie z rozporządzeniem Ministra Zdrowia podstawą rozliczeń z NFZ jest elektroniczny rachunek sporządzany według wzoru określonego przez Fundusz. Jednocześnie NFZ nie żąda wystawiania faktur, a przepisy ustawy z dnia 11 marca 2004 r. nie nakładają obowiązku ich wystawiania dla sprzedaży zwolnionej, chyba że zażąda tego nabywca. W ocenie wnioskodawcy oznaczało to możliwość dalszego stosowania rachunków oraz brak obowiązku korzystania z KSeF.

Stanowisko Organu

DKIS nie podzielił argumentacji spółki i wskazał, że faktura i rachunek są odrębnymi dokumentami. Zdaniem organu, jeśli podatnik VAT decyduje się udokumentować czynność podlegającą opodatkowaniu – nawet zwolnioną z VAT – właściwym dokumentem jest faktura, a nie rachunek wystawiany na podstawie Ordynacji podatkowej. Obowiązek wystawienia faktury na żądanie nabywcy nie oznacza, że w pozostałych przypadkach podatnik może zastąpić fakturę rachunkiem. Organ wskazał, że: „Wprawdzie w treści § 23 ust. 8a ww. rozporządzenia jest mowa o rachunku wystawionym przy użyciu KSeF, ale w przepis ten dodano uwzględniając regulacje wprowadzone na podstawie ustawy zmieniającej ustawę w zakresie wdrożenia obowiązku korzystania z KSeF. Natomiast na gruncie ustawy za pośrednictwem KSeF są wystawiane tylko faktury, nie ma możliwości wystawienia przy użyciu KSeF rachunków. KSeF nie obejmuje swoim zakresem innych dokumentów niż faktury”.

Organ wskazał również, że rachunki, o których mowa w Ordynacji podatkowej, mają zastosowanie przede wszystkim do czynności nieobjętych podatkiem VAT lub wykonywanych przez podmioty, które nie działają jako podatnicy VAT. W przypadku świadczeń medycznych finansowanych przez NFZ mamy natomiast do czynienia z usługami objętymi ustawą z dnia 11 marca 2004 r., korzystającymi jedynie ze zwolnienia przedmiotowego.

DKIS uznał, że skoro właściwym dokumentem w analizowanej sprawie jest faktura, to podmioty objęte obowiązkiem korzystania z KSeF powinny wystawiać faktury ustrukturyzowane również dla świadczeń zwolnionych z VAT wykonywanych na rzecz NFZ. Zdaniem organu przepisy rozporządzenia Ministra Zdrowia dotyczące „rachunku” regulują jedynie techniczne zasady rozliczeń z Funduszem i nie mogą zmieniać zasad dokumentowania wynikających z ustawy z dnia 11 marca 2004 r. – Nie zmienia tego faktu nazewnictwo użyte w przepisach ww. rozporządzenia Ministra Zdrowia regulującego wzajemne rozliczenia pomiędzy NFZ a świadczeniodawcami. Te przepisy szczególne nie mogą bowiem wpływać na sposób dokumentowania czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem VAT.

Zatem świadczeniodawcy, którzy są objęci obligatoryjnym KSeF, wystawiając dokument odnoszący się do wykonanych na rzecz NFZ usług, są zobowiązani do wystawiania faktur ustrukturyzowanych w postaci elektronicznej i zgodnie z wzorem dokumentu elektronicznego w rozumieniu ustawy z dnia 17 lutego 2005 r. o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne. Organ uznał, że spółka nie jest uprawniona do dokumentowania rachunkiem czynności zwolnionych od podatku VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy, lecz fakturą zawierającą co najmniej dane z § 3 pkt 1 ww. rozporządzenia w sprawie wystawiania faktur, a jeżeli Spółka jest objęta obowiązkiem stosowania KSeF, to taka faktura powinna przyjąć postać ustrukturyzowaną – skoro są Państwo zobowiązani do dokumentowania usług zwolnionych od podatku VAT fakturą (a nie rachunkiem) oraz mają obowiązek od 1 lutego/1 kwietnia 2026 r. stosować KSeF, nie będąc objętymi wyłączeniem z art. 106ga ust. 2 ustawy, to wystawiona przez Państwa faktura powinna przyjąć postać ustrukturyzowaną.

Oddział Śląski ISP w Katowicach

40-056 Katowice, ul. Jordana 7B

tel. 32 259 71 50

faks 32 253 99 89

e-mail: biuro.katowice@isp-modzelewski.pl