Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego
z dnia 18 listopada 2008 r.
w sprawie II FSK 1205/07

 W postępowaniu w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty 

nie jest dopuszczalne określenie wysokości zobowiązania 

podatkowego, w sytuacji, gdy w tej sprawie nie wszczęto 

postępowania, ani też te postępo

     W postępowaniu w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty nie jest dopuszczalne określenie wysokości zobowiązania podatkowego, w sytuacji, gdy w tej sprawie nie wszczęto postępowania, ani też te postępowania nie zostały połączone ? wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 18 listopada 2008 r. w sprawie II FSK 1205/07.

     Spółka w dniu 5 sierpnia 2002 r. skierowała do Pierwszego Urzędu Skarbowego w R. wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za rok 2001. W uzasadnieniu powołano się na powstanie nadpłaty w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r., sygn. akt K 45/01.

     Pierwszy Urząd Skarbowy w R. decyzją z dnia 3 października 2002 r. odmówił stwierdzenia nadpłaty. Od decyzji tej Spółka złożyła odwołanie do Izby Skarbowej w W., która nie uwzględniając argumentów Spółki decyzją z dnia 20 stycznia 2003 r. utrzymała decyzję organu pierwszej instancji w mocy.

     Po rozpoznaniu skargi na powyższą decyzję Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z dnia 3 czerwca 2004 r. (sygn. akt III SA 369/03) uwzględnił skargę i uchylił zaskarżoną decyzję Izby Skarbowej. W następstwie powyższego wyroku Dyrektor Izby Skarbowej w W. decyzją z dnia 20 stycznia 2005 r. uchylił decyzję organu I instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia.

     Naczelnik […] Urzędu Skarbowego w R. ustalił, iż po zakończeniu w dniu 30 września 2003 r. postępowania kontrolnego Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej wszczął postępowanie podatkowe, w wyniku którego decyzją z dnia 11 sierpnia 2003 r. określił Spółce zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za rok 2001, w wysokości ?. zł, tj. wyższej od zadeklarowanego, pomimo tego, iż w obiegu prawnym była decyzja ostateczna Izby Skarbowej w W. z dnia 20 stycznia 2003 r. w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty.

     Od decyzji Dyrektora UKS z dnia 11 sierpnia 2003 r. Podatnik nie złożył odwołania, lecz wniosek o stwierdzenie jej nieważności.

     W związku z tym, że w obiegu prawnym znajdowała się prawomocna decyzja ostateczna Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej określająca Spółce zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za rok 2001 Naczelnik […] Urzędu Skarbowego decyzją z dnia 15 lutego 2005 r. umorzył postępowanie w sprawie nadpłaty.

     Na skutek wniesionego przez Spółkę odwołania Dyrektor Izby Skarbowej postanowieniem z dnia 27 maja 2005 r. zawiesił postępowanie w przedmiotowej sprawie do czasu rozpatrzenia przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej wniosku Spółki o stwierdzenie nieważności decyzji Dyrektora UKS określającej zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 rok.

     Decyzją z dnia 7 lipca 2005 r. nr […] Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej stwierdził nieważność decyzji ostatecznej Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej z dnia 11 sierpnia 2003 r. określającej zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r.

     Wobec powyższego Dyrektor Izby Skarbowej w W., po podjęciu postępowania, decyzją z dnia 9 września 2005 r. uchylił decyzję Naczelnika […] Urzędu Skarbowego w R. i przekazał mu sprawę do ponownego rozpatrzenia, zlecając, by w ponownie przeprowadzonym postępowaniu organ I instancji zbadał, czy Spółka jest podmiotem, którego dotyczy wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r., sygn. akt K 45/01.

     Naczelnik […] Urzędu Skarbowego w R. decyzją z dnia 28 kwietnia 2006 r. określił Spółce zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r. w kwocie ?. zł oraz odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za ten rok, w wysokości 123.606 zł.

     Dyrektor Izby Skarbowej w W., po rozpatrzeniu odwołania, decyzją z dnia 28 kwietnia 2006 r., nr […] utrzymał w mocy decyzję organu pierwszej instancji. W ocenie organu wyrok Trybunału z dnia 25 czerwca 2002 r. dotyczył ściśle określonej grupy przedsiębiorców, posiadających status zakładu pracy chronionej nadany na czas określony 3 lat. Tym samym skarżąca Spółka, jako zakład pracy chronionej ze statusem bezterminowym, nie mogła dochodzić nadpłat bezpośrednio na podstawie tego orzeczenia. Z ostrożności procesowej Dyrektor Izby Skarbowej wyjaśnił , iż w sprawie nie został spełniony także drugi warunek wynikający w przedmiotowego orzeczenia, tzn. inwestycje Spółki nie spełniały przesłanek długofalowych przedsięwzięć realizowanych na rzecz osób niepełnosprawnych.

     Za niezasadny organ uznał także argument Skarżącej, iż na podstawie art. 16 ust. 1 pkt 25 lit a) ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000 r., 54, poz. 654 ze zm., dalej powoływanej jako u.p.d.o.p), podatek od towarów i usług stanowi koszt uzyskania przychodu. Skoro bowiem podatek ten nie jest zaliczany do przychodów , to nie mógł ich zwiększać na podstawie art. 12 ust. 3 wskazanej wyżej ustawy.

     Na powyższą decyzję Spółka wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, w której zarzuciła naruszenie: art. 120 w zw. z art. 74 pkt 1 w zw. z art. 72 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dzu.U. z 2005 r., Nr 8,poz. 60 ze zm., powoływanej dalej jako O.p.) poprzez odmowę stwierdzenia nadpłaty, art. 122 w związku z art. 187 § 1 i art. 191 O.p., poprzez mające wpływ na wynik sprawy niepełne rozpatrzenie materiału dowodowego i przekroczenie zasady swobodnej oceny dowodów, art. 120 w zw. art. 233 § 1 pkt 1 O.p., poprzez utrzymanie w mocy podlegającej uchyleniu decyzji naruszającej normy postępowania podatkowego oraz normy prawa materialnego, art. 32 i art. 190 ust. 4 Konstytucji RP w zw. z wyrokiem Trybunału z dnia 25 czerwca 2002 r., sygn. akt K 45/01 poprzez nieuwzględnienie w przedmiotowej sprawie skutków wyroku Trybunału Konstytucyjnego, art. 15 ust. 1 w zw. z art. 16 ust. 1 pkt 25 lit. a) u.p.d.o.p., poprzez ich błędną wykładnię, art. 127 O.p. poprzez brak ponownego rozpoznania sprawy w całości przed wydaniem decyzji w drugiej instancji.

     W ocenie Skarżącej Dyrektor Izby Skarbowej w W. bezzasadnie odmówił zastosowania w przedmiotowej sprawie orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r., sygn. K 45/01 i naruszył art. 74 pkt 1 w związku z art. 72 §1 pkt 1 o.p. bezzasadnie odmawiając stwierdzenia nadpłaty.

     Spółka zakwestionowała stanowisko organów podatkowych, zgodnie z którym wyrok Trybunału dotyczy wyłącznie podatników, którzy status zakładu pracy chronionej otrzymywali na okres trzech lat. W ocenie Skarżącej decydujące znaczenie ma okoliczność rozpoczęcia inwestycji przed 2000 r. Wyrok Trybunału jako kluczową przesłankę niekonstytucyjności zmiany u.p.d.o.p. wskazał brak ochrony interesów w toku – rozpoczętych inwestycji na rzecz osób niepełnosprawnych.

     Spółka podniosła, że przed zmianą przepisów rozpoczęła przedsięwzięcia na rzecz osób niepełnosprawnych: budowę kotłowni, dobudowę ciągów komunikacyjnych, zakupiła budynek i rozpoczęła jego modernizację, dlatego jej wniosek o zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za rok 2001, w kontekście wyroku Trybunału Konstytucyjnego, zasługiwał na uwzględnienie. Bez znaczenia pozostawał fakt, że Trybunał Konstytucyjny związany granicami skargi – rozpatrywał wyłącznie sytuację prawną zakładów pracy chronionej „terminowych” i nie wypowiedział się o naruszeniu konstytucyjnych praw pozostałych zakładów.

     Uzasadniając zarzut naruszenia art. 15 ust. 1 w związku z art 16 ust. 1 pkt 25 lit. a) u.o.p.d.o.p, Spółka podniosła, że przepis art. 16 ust. 1 pkt 25 lit. a) u.p.d.o.p. wymaga, aby wierzytelność została zarachowana jako przychody należne. Skarżąca wskazała, że zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 25 lit. a) tej ustawy kosztem uzyskania przychodów jest wierzytelność, a nie wierzytelność pomniejszona o podatek od towarów i usług. Nadto art. 16 ust 1 pkt 25 lit. a) ustawy stanowi wyjątek od zasady potrącalności kosztów uzyskania przychodów i jako taki nie powinien być traktowany rozszerzająco.

     W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie, podtrzymując w całości argumentację przedstawioną w zaskarżonej decyzji.

     Na rozprawie w dniu 24 stycznia 2007 r. pełnomocnik Spółki podniósł dodatkowo, że w postępowaniu w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty nie jest dopuszczalne określenie wysokości zobowiązania podatkowego, w sytuacji, gdy w tej sprawie nie wszczęto postępowania, ani też te postępowania nie zostały połączone. Uzupełnienie argumentacji w tym zakresie przedstawił w piśmie procesowym z dnia 9 marca 2007 r. wskazując, że powzięcie w toku postępowania o stwierdzenie nadpłaty wiadomości o tym, że kwota zobowiązania podatkowego może być wyższa od wykazanej w deklaracji, uzasadniało wydanie decyzji o odmowie stwierdzenia nadpłaty i wszczęcie z urzędu postępowania wymiarowego.

     Dyrektor Izby Skarbowej w piśmie procesowym z dnia 26 lutego 2007 r. wyjaśnił, iż w sytuacji, gdy organ podatkowy stwierdzi, iż wysokość zobowiązania wykazana w zeznaniu rocznym podatnika podatku dochodowego jest inna niż w złożonym zeznaniu, to zobowiązany jest na podstawie art. 74a O.p. do wydania decyzji określającej wysokość nadpłaty w prawidłowej wysokości lub zobowiązania podatkowego i odmawiającej stwierdzenia nadpłaty.

     Wyrokiem z dnia 13 kwietnia 2007 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, w sprawie o sygn. akt III SA/Wa 3176/06  oddalił skargę na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm., dalej powoływanej jako p.p.s.a.).

     W motywach wyroku Sąd podał, że spór w rozpoznawanej sprawie sprowadza się do odpowiedzi na pytanie, jaki jest zakres podmiotowy wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. sygn. akt 45/01 i czy skutki prawne wynikające z tego orzeczenia dotyczą Skarżącej Spółki. Sąd przywołał treść pkt 2 powołanego wyroku i wyraził ocenę, że wyrok ów odnosi się do zakładów pracy chronionej, które swój status uzyskały na podstawie decyzji Pełnomocnika do Spraw osób Niepełnosprawnych na okres trzech lat, zgodnie z art. 30 ust. 1 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych (Dz.U. Nr 123,poz. 776 ze zm., powoływanej dalej jako ustawa o rehabilitacji ), w jej brzmieniu z 30 listopada 1999 r.

     Odnosząc powyższą ocenę do rozpoznawanej sprawy Sąd I instancji podał, że w sprawie jest niesporne, że Skarżąca Spółka otrzymała status zakłady pracy chronionej na czas nieokreślony, na podstawie decyzji Pełnomocnika do Spraw Osób Niepełnosprawnych z dnia 16 sierpnia 1995 r., wydanej w oparciu o przepisy ustawy z dnia 9 maja 1991 r. o zatrudnieniu i rehabilitacji osób niepełnosprawnych. Wobec powyższego Sąd przyjął, że wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. nie obejmuje swoim zakresem podmiotowym skarżącej Spółki.

     W konsekwencji Sąd ocenił, że bez znaczenia dla sprawy pozostaje okoliczność, czy Skarżąca dokonywała długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych.

     Sąd I instancji nie podzielił też argumentacji Skarżącej, która podniosła, że nawet, gdyby przychylić się do poglądu organów podatkowych, iż wyrok Trybunału Konstytucyjnego dotyczy tylko zakładów pracy chronionej mających ten status na określony czas, to wobec faktu, iż zmiany wprowadzone kwestionowaną przez Trybunał ustawą dotyczą w równym stopniu podatników posiadających status zakładu pracy chronionej na czas nieokreślony, sąd administracyjny, z uwagi na art. 32 Konstytucji RP, winien odmówić zastosowania niekonstytucyjnego przepisu w konkretnej sprawie. Sąd stanął na stanowisku, że prawo sądu do bezpośredniego stosowania Konstytucji RP zapisane w jej art. 8 ust. 2 w powiązaniu z art. 178 ust. 1 ustawy zasadniczej nie oznacza prawa do słusznościowej oceny poczynań ustawodawcy, nie oznacza też prawa do kontroli konstytucyjności ustaw. Tryb takiej kontroli został bowiem wyraźnie i jednoznacznie ukształtowany w Konstytucji RP. Zgodnie z jej art. 188 to Trybunał Konstytucyjny został powołany do orzekania o zgodności ustaw z Konstytucją.

     W ocenie Sądu I instancji nieuzasadniony jest również zarzut niedopuszczalności określenia wysokości zobowiązania podatkowego w postępowaniu o stwierdzenie nadpłaty. Sąd podał, że postępowanie o stwierdzenie nadpłaty w rozpoznawanej sprawie zostało wszczęte jako pierwsze, wnioskiem Strony z dnia 5 sierpnia 2002 r., zatem winno zostać załatwione przez wydanie stosownej decyzji, co też organ podatkowy uczynił. Jednocześnie w sytuacji, gdy organ stwierdził, iż wysokość zobowiązania wykazana w zeznaniu rocznym podatnika podatku dochodowego jest inna niż w złożonym zeznaniu, zobowiązany był wydać decyzję, na podstawie art. 21 § 3 o.p. Prawidłowo więc, w ocenie Sądu I instancji, organy podatkowe uznając, iż w rozpoznawanej prawie brak jest podstaw do stwierdzenia nadpłaty, określiły zobowiązanie podatkowe i odmówiły stwierdzenia nadpłaty. Bez istotnego wpływu na wynik sprawy pozostała, w ocenie Sądu okoliczność braku postanowienia o połączeniu postępowania o stwierdzenie nadpłaty z postępowaniem wymiarowym. Istotne jest bowiem to, iż Naczelnik […] Urzędu Skarbowego w R. wydał w dniu 8 i 31 marca 2006 r. postanowienia w przedmiocie włączenia do akt postępowania o stwierdzenie nadpłaty materiałów z postępowania wymiarowego.

     Odnosząc się do zarzutu naruszenia art. 15 ust. 1 w zw. z art. 16 ust. 1 pkt 25 lit. a) u.p.d.o.p., poprzez ich błędną wykładnię, Sąd stwierdził, że zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 25 lit. a) u.p.d.o.p. nie uważa się za koszty uzyskania przychodów wierzytelności, odpisanych jako nieściągalne, z wyjątkiem wierzytelności, które uprzednio na podstawie art. 12 ust. 3 zarachowane zostały jako przychody należne i których nieściągalność została udowodniona lub uprawdopodobniona. Dla określenia wierzytelności nieściągalnej stanowiącej koszt uzyskania przychodu, istotne jest jej uprzednie zarachowanie jako przychodu należnego. Mając na uwadze przepis art. 12 ust. 4 pkt 9 ustawy, zgodnie z którym do przychodów nie zalicza się należnego podatku VAT, Sąd ocenił jako nieuzasadniony pogląd Skarżącej, iż uznana za koszt uzyskania przychodów zarachowana wierzytelność nieściągalna winna obejmować także należny podatek VAT. Skoro bowiem podatek VAT nie jest zaliczany do przychodów, nie mógł zwiększać przychodu należnego podlegającego zarachowaniu na podstawie art. 12 ust. 3 ustawy.

     W skardze kasacyjnej od przedstawionego powyżej wyroku Spółka, wskazując jako podstawę art. 174 pkt 1 p.p.s.a. zarzuciła mające wpływ na wynik sprawy naruszenie przepisów prawa materialnego:

  • art. 2, art. 32 i art. 190 ust. 1 i 4 Konstytucji RP w zw. z wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r., sygn. K 45/01, stwierdzającego niezgodność z art. 2 Konstytucji RP przepisów art. 2 pkt 2 w zw. z art. 4 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych – poprzez niewłaściwe zastosowanie polegające na odmowie zastosowania i nieuwzględnieniu w przedmiotowej sprawie skutków wyroku Trybunału Konstytucyjnego;

  • art. 31 ust. 1 i 2 ustawy o rehabilitacji zawodowej – poprzez niewłaściwe zastosowanie tych przepisów w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 stycznia 2000 r.;

  • art. 15 ust. 1 w zw. z art. 16 ust. 1 pkt 25 lit. a) u.p.d.o.p. – poprzez ich błędną wykładnię polegającą na przyjęciu, że kosztem uzyskania przychodu z tytułu odpisania wierzytelności nieściągalnej jest wyłącznie kwota netto tej wierzytelności;

  • art. 74 pkt 1 w zw. z art. 72 § 1 pkt 1 o.p. – poprzez brak zastosowania tych przepisów w przedmiotowej sprawie i odmowę stwierdzenia nadpłaty.


     Wskazując natomiast jako podstawę art. 174 pkt 2 p.p.s.a. strona skarżąca zarzuciła, mające wpływ na wynik sprawy, naruszenie przepisów postępowania – art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. – w zw. z art. 21 § 3 i art. 75 o.p. poprzez odmowę uchylenia decyzji naruszającej przepisy postępowania, mające istotny wpływ na wynik sprawy, poprzez oddalenie skargi na decyzję określającą wysokość zobowiązania podatkowego, wydaną po przeprowadzeniu postępowania o stwierdzenie nadpłaty.

     Mając na uwadze przedstawione zarzuty strona skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie prawy do ponownego rozpatrzenia Sądowi I instancji oraz o zasądzenie kosztów postępowania obejmujących koszty zastępstwa procesowego według norm przypisanych.

     Uzasadniając kolejno podniesione zarzuty strona skarżąca podniosła, że przedmiotem orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego było rozpoznanie skargi konstytucyjnej podmiotu, który uzyskał status zakładu pracy chronionej na czas określony, tj. trzech lat. Będąc związanym granicami skargi konstytucyjnej, w sentencji wyroku Trybunał Konstytucyjny nie mógł wprost odnieść się do podmiotów, które status zakładu pracy chronionej uzyskały przed zmianą ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. Nie oznacza to jednak, że skutek wyroku należy odnosić wyłącznie do zakładów pracy chronionej posiadających ten status na okres trzech lat. Prowadziłoby to do niezgodnego z art. 32 Konstytucji zróżnicowania sytuacji prawnej podmiotów prawa, które wykazują takie same cechy relewantne.

     Strona skarżąca podkreśliła, że okres na jaki został przyznany status zakładu pracy chronionej, nie jest cechą relewantną dla wprowadzenia zróżnicowania uprawnień podatników. Nadawanie statusu zakładu pracy chronionej na czas określony miało na celu jedynie ułatwienie kontroli tych ostatnich podmiotów w związku z koniecznością uzyskania statusu zakładu pracy chronionej na kolejny okres.

     W kontekście przedmiotowej sprawy to, czy podatnik uzyskał status zakładu pracy chronionej na czas nieokreślony, czy na okres 3 letni – w zakresie niekonstytucyjności zmiany uprawnień Skarżącej z dniem 1 stycznia 2000 r. – nie może mieć dla potrzeb przedmiotowego sporu znaczenia prawnego, bowiem Trybunał Konstytucyjny za główną przesłankę stwierdzenia niekonstytucyjności przepisów ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, uznał naruszenie konstytucyjnej zasady ochrony interesów w toku z uwagi na brak odpowiedniego okresu dostosowawczego. W ocenie Skarżącej oznacza to, że niezależnie od tego na jaki okres podatnikowi przyznany został status zakładu pracy chronionej, o zakwalifikowaniu go do podmiotów, których prawa konstytucyjne zostały naruszone decyduje: 1) posiadanie statusu zakładu pracy chronionej, 2) rozpoczęcie w zaufaniu do dotychczasowych regulacji prawnych przedsięwzięć na rzecz zatrudnionych w nich osób niepełnosprawnych.

     Strona podkreśliła, że przedsiębiorca rozpoczynający inwestycje przed dniem 1 stycznia 2000 r., który uzyskał status zakładu pracy chronionej na czas nieokreślony, jest w takiej samej sytuacji jak przedsiębiorca rozpoczynający inwestycje w tym samym okresie, któremu status zakładu pracy chronionej został przyznany na okres lat trzech.

     Uzasadniając zarzut naruszenia art. 75 § 2 i art. 21 § 3 o.p. przez ich błędne zastosowanie strona skarżąca podniosła, że niedopuszczalnym było określenie kwoty zobowiązania podatkowego na podstawie art. 21 § 3 o.p. po przeprowadzeniu postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty. Składając wniosek o stwierdzenie nadpłaty Skarżąca Spółka wyznaczyła granice postępowania i orzekania, w zakresie których nie mieści się postępowanie wymiarowe. W przypadku postępowań wszczynanych na wniosek strony organ podatkowy jest związany zakresem wniesionego żądania, chyba że strona zmieni zakres żądania, czego w przedmiotowej sprawie nie uczyniła. Postępowania wymiarowe i w sprawie stwierdzenia nadpłaty są zupełnie odrębnymi procesowo instytucjami postępowania podatkowego, mającymi odmienny przedmiot i odrębne rozstrzygnięcia.

     Strona skarżąca podtrzymała swoje stanowisko, prezentowane w skardze skierowanej do Sądu I instancji, iż sąd administracyjny może w indywidualnej sprawie odmówić zastosowania niekonstytucyjnego przepisu ustawy zwykłej. Podkreślając iż nie kwestionuje wyłącznej kompetencji Trybunału Konstytucyjnego do eliminowania z obrotu prawnego aktów normatywnych sprzecznych z Konstytucją i odwołując się do poglądów Sądu Najwyższego (wyrok z dnia 25 lipca 2003 r. sygn. akt V CK 47/02, wyrok z dnia 29 sierpnia 2001 r. sygn. akt III RN 189/00) skarżąca stwierdziła, że odmowa zastosowania przepisu w sprawie ma takie znaczenie, że sąd, stwierdziwszy niekonstytucyjność danego przepisu uwzględnia ten fakt przy orzekaniu o indywidualnym stosunku w rozpoznawanej sprawie, a jego pogląd nie jest wiążący dla innych sądów orzekających w analogicznych sprawach. To uprawnienie sądu nie uchybia kompetencji Trybunatu Konstytucyjnego, którego orzeczenie jest powszechnie obowiązujące i ostateczne (art. 188 pkt 1 Konstytucji).

     Uzasadniając zarzut naruszenia art. 15 ust. 1 w zw. z art. 16 ust. 1 pkt 25 lit. a u.p.d.o.p. strona skarżąca wskazała, że należy rozróżnić pojęcie przychodu należnego i wierzytelności. Wierzytelność wynikająca ze stosunku zobowiązaniowego zawsze, obejmuje kwotę należną od dłużnika, zawierającą podatek od towarów i usług. Ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych słusznie wyłącza z przychodu część wierzytelności przypadającą na podatek od towarów i usług. Nie jest jednak trafne stanowisko sądu pierwszej instancji, zgodnie z którym z treści art. 16 ust. 1 pkt 25 lit. a) u.p.d.o.p. wynika, że skoro podatek nie może być zarachowany na przychody, to nieściągalna wierzytelność w tej części nie może być kosztem. Stoi to w sprzeczności zarówno z treścią przepisu jak i jego ratio legis. Skarżąca wskazała, że zgodnie z treścią art. 16 ust. 1 pkt 25 lit. a) u.p.d.o.p. kosztem uzyskania przychodu jest wierzytelność, a nie wierzytelność pomniejszona o podatek od towarów i usług. Dopiero ten ostatni zapis, gdyby znajdował się w u.p.d.o.p., pozwalałby na przyjęcie, że do kosztów uzyskania przychodu można zaliczyć wyłącznie wierzytelność w kwocie netto. Skarżąca dokonała zarachowania wierzytelności na przychód należny zgodnie z dyspozycją art. 12 ust. 3 tej ustawy. Art. 16 ust. 1 pkt 25 lit. a) dotyczy natomiast kosztu uzyskania przychodu w sytuacji, gdy cała wierzytelność jest nieściągalna i ta nieściągalność została odpowiednio udokumentowana. Skarżąca wskazuje także, że art. 16 ust 1 pkt 25 lit. a) stanowi wyjątek od zasady potrącalności kosztów uzyskania przychodu.

     Dodatkowo Skarżąca podniosła, że w przypadku nieściągalności wierzytelności (obejmującej także podatek od towarów i usług) podatnik ponosi ekonomiczny ciężar zapłaconego podatku od towarów i usług. Celem art. 15 ust. 1 w zw. z art. 16 ust. 1 pkt 25 lit. a) jest zniesienie skutków metody memoriałowej, stosowanej przy kwalifikowaniu kwoty należności do przychodów. Ustawodawca dla zapobieżenia opodatkowaniu przychodu, którego podatnik definitywnie nie uzyskał, zezwala na zaliczenie wierzytelności do kosztów uzyskania przychodu. Wykładnia zaprezentowana przez Sąd I instancji byłaby prawidłowa, ale dopiero od dnia 1 czerwca 2005 r.,- tj. od dnia wprowadzenia do ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, art. 89a i 89b, w myśl których podatnik może skorygować podatek należny z tytułu dostawy towarów lub świadczenia usług na terytorium kraju w przypadku wierzytelności odpisanych jako nieściągalne, stanowiących koszty uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym.

     Dyrektor Izby Skarbowej w W. nie udzielił odpowiedzi na skargę kasacyjną. Na rozprawie jego pełnomocnik wniósł o oddalenie skargi kasacyjnej i zasądzenie na jego rzecz kosztów postępowania, podtrzymując dotychczas zajęte stanowisko.

     Na rozprawie przed Naczelnym Sądem Administracyjnym Spółkę reprezentował Jacek Aninowski, doradca podatkowy, dyrektor ds. obsługi postępowań w Instytucie Studiów Podatkowych  Rozpoznając sprawę Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

     Postępowanie, w toku którego doszło do wydania zaskarżonej decyzji, zostało wszczęte wnioskiem strony z 5 sierpnia 2002 r. We wniosku tym podatnik zwrócił się o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za rok 2001, powołując się na wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. , w sprawie K 45/01. Decyzją z 3 października 2002 r. Pierwszy Urząd Skarbowy w R. odmówił stwierdzenia nadpłaty, zaś Dyrektor Izby Skarbowej z dnia 20 stycznia 2003 r. utrzymał ją w mocy. Ta ostatnia decyzja została uchylona prawomocnym wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 3 czerwca 2004 r. ( sygn. akt III SA 369/03). Dyrektor Izby Skarbowej, rozpoznając ponownie odwołanie, uchylił decyzję Naczelnika […] Urzędu Skarbowego w R. Uznać zatem należy, iż postępowanie przed organem I instancji nie zostało zakończone przed dniem 1 stycznia 2003 r., a tym samym winno toczyć się na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2003 r. ( art. 22 § 1 ustawy z dnia 12 września 2002 r. o zmianie ustawy -Ordynacja podatkowa oraz o zmianie niektórych innych ustaw -Dz.U. Nr 169, poz. 1387 ze zm. i art. 25 § 1 i § 2 ustawy z 30 czerwca 2005 r.o zmianie ustawy- Ordynacja podatkowa oraz o zmianie niektórych innych ustaw- Dz. U.Nr 143,poz. 1199) .

     Zgodnie z art. 75 § 2 O.p. podatnikowi, którego zobowiązanie podatkowe powstaje w sposób wskazany w art. 21 § 1 pkt 1 i który w złożonym zeznaniu rocznym dotyczącym podatku dochodowego wykazał kwotę podatku wyższą od należnej albo nienależną, przysługuje prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty podatku. Winien wówczas wraz z wnioskiem złożyć korektę deklaracji ( art. 75 § 3 i art. 74 pkt 1 O.p.). Jeżeli skorygowana deklaracja nie budzi wątpliwości, organ zwraca nadpłatę bez wydania decyzji stwierdzającej ją ( art. 75 § 4 O.p.). A contario – w przypadku stwierdzenia, że skorygowana deklaracja budzi wątpliwości- wydanie decyzji jest konieczne.

     Złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty powoduje wszczęcie postępowania na żądanie strony ( art. 165 § 1 O.p.). Treść żądania musi mieć oparcie w przepisach prawa materialnego. Organy muszą zatem w pierwszej kolejności ustalić, czy istotnie obowiązuje norma (w znaczeniu dostatecznie określonym dla potrzeb rozstrzygnięcia),na podstawie której strona może się domagać określonej treści rozstrzygnięcia, warunkuje to bowiem dopuszczalność wszczęcia postępowania (art. 165 a O.p., por. też B.Adamiak w : B.Adamiak, J. Borkowski , R.Mastalski, J.Zubrzycki- Ordynacja podatkowa. Komentarz- Wrocław 2006, s. 655 i 659).Jeżeli podstawa taka w przepisach prawa materialnego istnieje, to ona i treść żądania determinują przedmiot postępowania. Jeżeli istnieją przesłanki do rozstrzygnięcia sprawy co do istoty, wydana decyzja dotyczyć więc musi tak zdefiniowanego przedmiotu ( art. 207 § 2 O.p.).

     W postępowaniu o stwierdzenie nadpłaty przedmiot i zakres postępowania determinuje treść art. 72 i n. O.p. Gdy stwierdzenia nadpłaty żąda podatnik, którego zobowiązanie podatkowe powstało w sposób określony w art. 21 § 1 pkt 1 O.p. organy podatkowe winny zatem zbadać, w zależności od treści wniosku, czy istotnie doszło do zapłaty przez stronę podatku nienależnie czy też w wysokości wyższej od należnej. W postępowaniu dowodowym winny wyjaśnić fakty mające znaczenie dla rozstrzygnięcia, a więc przede wszystkim, czy strona w ogóle zobowiązana była do zapłaty podatku (czy istniał obowiązek podatkowy, czy strona była podatnikiem tego podatku, czy była zwolniona z podatku lub zaniechano w stosunku do niej jego poboru), a jeżeli strona zobowiązana była do zapłaty podatku, czy został on zapłacony w wysokości wynikającej z przepisów prawa czy wyższej. W tym ostatnim przypadku może się okazać, iż konieczna będzie weryfikacja korekty deklaracji złożonej wraz z wnioskiem i sprawdzenie, czy wynikające z niego zobowiązanie podatkowe obliczone zostało przez podatnika prawidłowo. Wysokość zobowiązania podatkowego może bowiem mieć znaczenie dla ustalenia, czy podatek został uiszczony w wysokości wyższej niż należna. Przypomnieć jednak w tym miejscu należy, iż O.p. w sposób wyraźny odróżnia podatek ( definiuje go w art. 6 O.p.) od zobowiązania podatkowego ( zdefiniowanego w art. 5 O.p.). Może zatem zaistnieć nadpłata podatku mimo prawidłowego obliczenia zobowiązania podatkowego w deklaracji ( gdy podatnik zapłaci podatek większy niż wynikający ze zobowiązania). Ustalenie prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego stanowi w tym postępowaniu część ustaleń faktycznych, niezbędnych dla załatwienia sprawy. Kwestia ta nie może jednak być w sposób władczy rozstrzygnięta przez organ podatkowy w postępowaniu wszczętym wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, nie wynika ona bowiem ani z treści żądania strony, ani z podstawy prawnej tego żądania. Przepisy rozdziału 9 działu III Ordynacji podatkowej nie dają też organom podatkowym uprawnienia do określenia decyzją zobowiązania podatkowego w ramach postępowania o stwierdzenie nadpłaty. Przeciwnie- zmieniając O.p. od 1 stycznia 2003 r.- ustawodawca w sposób jednoznaczny wskazał na odrębność postępowań dotyczących określenia zobowiązania podatkowego i stwierdzenia nadpłaty, wprowadzając zakaz wszczynania postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w czasie trwania postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej oraz w okresie między zakończeniem kontroli a wszczęciem postępowania- w zakresie zobowiązań podatkowych, których dotyczy postępowanie lub kontrola ( art. 79 § 1 O.p.) oraz rezygnując z nałożenia na organ podatkowy obowiązku stwierdzenia nadpłaty w toku postępowania podatkowego mającego na celu weryfikację prawidłowości obliczenia zobowiązania podatkowego przez podatnika ( art.21 § 3 O.p. nakazuje mu jedynie określenie zobowiązania podatkowego, gdy podatnik nie zapłacił podatku, nie złożył deklaracji albo gdy wysokość zobowiązania jest inna niż wskazana w deklaracji). Przepisy ustawy nie zakazują jednocześnie organowi wszczęcia postępowania podatkowego w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego po złożeniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Umożliwia to organom, w sytuacji gdy stwierdzą w toku postępowania wszczętego wnioskiem strony, iż zobowiązanie podatkowe zostało przez nią wykazane w deklaracji w wysokości nieprawidłowej (zaniżonej) wszczęcie z urzędu odrębnego postępowania podatkowego oraz wydanie decyzji, o której mowa w art. 21 § 3 O.p. Jeżeli decyzja taka zostanie wydana przed rozstrzygnięciem wniosku o stwierdzenie nadpłaty, jej treść niewątpliwie będzie miała wpływ na treść decyzji w przedmiocie nadpłaty. Gdy postępowanie wszczęte wnioskiem strony zakończone zostanie wcześniej ( biorąc pod uwagę terminy załatwienia spraw- art. 139 O.p. i brak podstaw do zawieszenia tego postępowania do czasu zakończenia postępowania wymiarowego – art. 201 § 1 O.p.), organ uwzględni w nim ustalenia, dokonane w toku postępowania dowodowego i na tej podstawie określi konsekwencje prawne tych faktów na podstawie stosowanej normy prawnej. Konkludując stwierdzić należy, iż w stanie prawnym obowiązującym po 1 stycznia 2003 r. w postępowaniu wszczętym wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty niedopuszczalne jest określenie w decyzji wysokości zobowiązania podatkowego.

     W badanej sprawie, jak wynika w sposób jednoznaczny z akt sprawy, organ I instancji nie wydał postanowienia o wszczęciu postępowania w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego strony skarżącej w podatku dochodowym od osób prawnych za rok 2001 r. Określenie wysokości zobowiązania podatkowego nastąpiło w decyzji wydanej w postępowaniu wszczętym wnioskiem podatnika o stwierdzenie nadpłaty. Zasadnie zatem strona skarżąca wywiodła w skardze kasacyjnej, iż uznając za zgodną z prawem decyzję Dyrektora Izby Skarbowej, utrzymującą w mocy decyzję organu I instancji, rozstrzygającą o tej kwestii, Sąd I instancji naruszył art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w zw. a art. 21 § 3 i art. 75 O.p. i naruszenie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Nie można bowiem zgodzić się z wyrażonym w zaskarżonym wyroku poglądem, iż możliwość określenia zobowiązania podatkowego wynikała z faktu włączenia w poczet materiału dowodowego sprawy dowodów zebranych w postępowaniu kontrolnym oraz kontroli podatkowej. Postanowienia te dotyczyły bowiem tylko postępowania dowodowego. Zauważyć zresztą należy, iż tym konkretnym postępowaniu kwestia wysokości zobowiązania podatkowego nie miała znaczenia dla rozstrzygnięcia, nie powinna więc w ogóle być przedmiotem postępowania dowodowego ( art. 122 O.p.). Strona żądała bowiem zwrotu nadpłaty powołując się na przysługujące jej zwolnienie z podatku dochodowego od osób prawnych.