Jeśli prokurent faktycznie w związku z pełnioną funkcją wykonuje jakąś pracę, czy zadania na rzecz spółki, to powinien mieć określone wynagrodzenie. Wykonywanie pracy przez prokurenta bez wynagrodzenia, naraża spółkę na ryzyko naliczenia podatku od przychodu z tytułu nieodpłatnego świadczenia (podobnie, jak w przypadku członka zarządu pełniącego swoja funkcję nieodpłatnie).
Prokura (pełnomocnictwo) jest udzielana tylko jako umocowanie na drodze uchwały powołania. Natomiast same obowiązki prokurenta mogą być wykonywane zarówno na podstawie stosunku pracy, jak też umowy cywilnoprawnej, czy tylko samej uchwały zarządu o powołaniu.
W takim wypadku spółka może wypłacać prokurentowi wynagrodzenie na podstawie umowy o pracę, umowy zlecenia czy uchwały zarządu (należy dokonać wyboru tytułu wynagradzania).
Obciążenia publicznoprawne (PIT, ZUS) z tytułu umowy o pracę i umowy zlecenia co do zasady są tożsame z obciążeniami dotyczącymi innych zatrudnionych osób. Natomiast warto zwrócić uwagę na wynagrodzenie wypłacana prokurentowi na podstawie uchwały zarządu określającej takie wynagrodzenie. W takim wypadku wynagrodzenie prokurenta stanowi przychód z innych źródeł (art. 20 ustawy PIT). Taka kwalifikacja została potwierdzona przez organy podatkowe w wydawanych interpretacjach podatkowych, jako przykładowe można wskazać:
- 0113-KDIPT2-1.4011.127.2018.1.MGR z dnia 24.04.2018,
- 0115-KDIT2-1.4011.71.2017.2.MN z dnia 23.06.2017 r.
W takim przypadku od wypłaconego wynagrodzenia prokurenta nie pobiera się w trakcie roku zaliczek na podatek dochodowy. W odróżnieniu jednak od członka zarządu, prokurent rozlicza się samodzielnie w zeznaniu rocznym. Zatem spółka nie pełni funkcji płatnika i od wypłaconego prokurentowi wynagrodzenia nie pobiera zaliczki na podatek. Bez względu jednak na to, wynagrodzenie prokurenta stanowi koszt spółki. Na możliwość zakwalifikowania wynagrodzenia prokurenta jako kosztu uzyskania przychodu może wskazywać np: interpretacja indywidualna o sygnaturze 0115-KDIT3.4011.18.2018.1.JŁ