Sprzedaż zorganizowanej części przedsiębiorstwa zgodnie z art. 6 pkt 1 ustawy o VAT, nie podlega opodatkowaniu podatkiem VAT. W takiej sytuacji, przedsiębiorca ma co do zasady obowiązek zapłaty podatku od czynności cywilnoprawnych – PCC.
Podstawą opodatkowania przy umowie sprzedaży jest wartość rynkowa rzeczy lub praw majątkowych. W związku z tym opodatkowaniu PCC podlegają wszystkie składniki stanowiące ZPC osobno.
Jeżeli podatnik nie wyodrębni poszczególnych składników majątku wchodzących w skład ZPC, może opodatkować całą wartość ZPC. W takiej sytuacji jeżeli poszczególne składniki powinny być opodatkowane stawkami w różnej wysokości, do opodatkowania ZPC jako całości ma zastosowanie najwyższa ze stawek podatku. Warto zatem wyodrębnić poszczególne składniki majątku wchodzące w skład ZCP jeśli ich sprzedaż jest opodatkowana różnymi stawkami PCC.
Jeżeli strony transakcji błędnie określą, że jest to ZCP i sprzedaż nie zostanie opodatkowana podatkiem VAT, będzie to jednoznaczne z powstaniem zaległości podatkowej wobec fiskusa po stronie sprzedawcy, ponieważ nie wykaże on podatku VAT należnego. Natomiast nabywca nie będzie mógł odliczyć podatku naliczonego od dokonanego zakupu i dodatkowo ma obowiązek zapłaty podatku od czynności cywilnoprawnych.
