Usługi niematerialne charakteryzują się tym, że nie są w swojej istocie utrwalone. Ich charakter polega w głównej mierze na wykonaniu określonych czynności, które przynoszą pewne efekty (często nie dające się nawet zmierzyć), jednakże same czynności nie mają formy trwałej.
W związku z tym podatnicy nabywający takie usługi mogą mieć trudności z udokumentowaniem ich wykonania, co z kolei może doprowadzić do zakwestionowania nabycia usługi i prawa do odliczenia z tego tytułu podatku naliczonego oraz zaliczenia wydatku do kosztów podatkowych. Dlatego należy dopilnować, aby z wykonania usługi niematerialnej zgromadzić odpowiednią dokumentację potwierdzającą wykonanie takiej usługi.
W przypadku transakcji zakupu usług niematerialnych wymagane jest dołączenie do faktury zakupu dokumentu potwierdzającego poprawne wykonanie usługi albo innego dowodu potwierdzającego wykonanie usługi. Jest to istotne zarówno z punktu widzenia prawidłowości rozliczeń podatkowych (CIT, VAT), ale również z punktu widzenia weryfikacji legalności działań osób decyzyjnych w spółce (zarząd).
Jednolite podejście organów podatkowych oraz sądów administracyjnych wskazuje zasadniczo, że posiadanie samej umowy oraz faktury dokumentującej zakup czy sprzedaż usług niematerialnych nie jest wystarczające do uwzględnienia takiej faktury w prowadzonych dla podatku od towarów i usług ewidencjach (zob. wyrok WSA w Bydgoszczy z dnia 16 lutego 2021 r., sygn. akt I SA/Bd 688/20, nieprawomocny). W związku z tym, posiadanie jedynie umowy o świadczenie usług i faktury dokumentującej nabycie takiej usługi może nie być dostateczne do przekonania organów podatkowych, że usługa została faktycznie wykonana. Należy bowiem zauważyć, że dokument umowy dokumentuje jedynie fakt zawarcia umowy przez podatnika, ale nie dokumentuje jej wykonania. Nawet dokładny opis przedmiotu usługi oraz system rozliczeń nie przesądza o tym, że należność tytułem wynagrodzenia odpowiada faktycznie zrealizowanym świadczeniom. Natomiast faktura dokumentuje jedynie dokonanie transakcji w ujęciu księgowym, wcale nie jest dowodem wykonania umowy.
Ustawa o podatku od towarów i usług nie wskazuje, w jaki sposób podatnik powinien udokumentować fakt wykonania umowy, aby móc odliczyć podatek naliczony z tego tytułu. Przepis art. 86 ust. 1 tej ustawy wskazuje jedynie, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje podatnikowi co do zasady w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Natomiast przepis art. 86 ust. 2 pkt 1 ww. ustawy przewiduje, że kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika chociażby z tytułu nabycia usług. Jednakże, zgodnie z przepisem art. 180 § 1 Ordynacji podatkowej, jako dowód należy dopuścić wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem. W związku z tym, podatnicy mają szerokie możliwości dowodzenia rzeczywistego wykonania usługi niematerialnej. Najprostszym sposobem jest zgromadzenie odpowiedniej dokumentacji potwierdzającej złożenie zamówienia na wykonanie usługi, realizację zamówienia, a także protokoły zakończenia i odbioru wykonanej usługi, szczegółowy opis jakiego rodzaju usługi dotyczy konkretna faktura, jak też wszelkiego rodzaju opracowania na piśmie wskazujące kto, gdzie, kiedy i w jakim zakresie dokonał poszczególnych czynności związanych z realizacją usługi (zob. wyrok WSA w Bydgoszczy z dnia 16 lutego 2021 r., sygn. akt I SA/Bd 688/20). Dowodami mogą być również zeznania świadków. Osoby reprezentujące podatników będących stronami umowy, jak również osoby biorące udział w realizacji i odbiorze usługi mogą swoją wiedzą odpowiednio udowodnić zakres oraz koszty związane z realizacją usługi.
