Zgodnie z zasadą procesową ne bis in idem (łac. nie dwa razy w tej samej sprawie), nie należy prowadzić postępowania w tej samej sprawie, tej samej osoby, jeśli sprawa ta została już rozstrzygnięta.
Złożenie wniosku o wydanie indywidualnej interpretacji prawa podatkowego na podstawie art. 14b ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (dalej: „o.p.”) skutkuje wszczęciem przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej postępowania zmierzającego do wydania interpretacji indywidualnej, w którym wnioskodawca jest jego stroną. Rodzi się pytanie, czy zasada ne bis in idem znajduje zastosowanie w przypadku, gdy ten sam podmiot w trakcie lub po zakończeniu postępowania interpretacyjnego ponownie złożył wniosek o wydanie interpretacji podatkowej w tej samej sprawie.
Przepisy wprost nie regulują kwestii ponownego złożenia wniosku o wydanie indywidualnej interpretacji podatkowej z tożsamym żądaniem. W myśl art. 14b § 5 o.p. nie wydaje się interpretacji indywidualnej w zakresie tych elementów stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego, które w dniu złożenia wniosku o interpretację są przedmiotem toczącego się postępowania podatkowego, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej, albo gdy w tym zakresie sprawa została rozstrzygnięta co do istoty w decyzji lub postanowieniu organu podatkowego albo uzgodnienia w porozumieniu podatkowym, o którym mowa w art. 20zb, albo porozumieniu inwestycyjnym, o którym mowa w art. 20za § 1, w zakresie art. 20zt pkt 5. W świetle art. 207 i 216 o.p. decyzja organu podatkowego lub w drodze wyjątku jego postanowienie – jako akty administracyjne – rozstrzygają sprawę co do istoty, tj. określają w sposób władczy o indywidualnych prawach i obowiązkach z zakresu prawa podatkowego danego podmiotu. Interpretacja indywidualna nie stanowi aktu administracyjnego, ponieważ jest pozbawiona władczego wpływu na sferę praw i obowiązków jej adresata. Nie można zatem przyjąć, że wydanie interpretacji indywidualnej jest decyzją czy postanowieniem i rozstrzyga sprawę co do jej istoty, gdyż sama w sobie nie zmienia środowiska prawnego wnioskodawcy, a jedynie załatwia sprawę, poprzez udzielenie informacji o stosowaniu i wykładni prawa podatkowego. Zmiana ta może dopiero nastąpić w wyniku zastosowania się do interpretacji, lecz nie jest to obowiązek adresata. Jednocześnie umiejscowienie przepisów dotyczących interpretacji indywidualnych wyklucza zakwalifikowanie postępowania interpretacyjnego jako postępowania podatkowego.
Powyższe pozwala stwierdzić, że zasada ne bis in idem nie ma zastosowania do postępowania interpretacyjnego. Na każdym etapie tego postępowania dopuszczalne jest składanie dowolnej liczby nowych wniosków o wydanie indywidualnej interpretacji podatkowej w identycznym przedmiocie. Nie da się zarazem wykluczyć, że wydane interpretacje będą się wówczas różnić, co jednak budziłoby wątpliwość o rzetelność poszczególnych postępowań. Należy bowiem podkreślić, że art. 14h o.p. odsyła do odpowiedniego stosowania w postępowaniu interpretacyjnym art. 121 § 1 o.p., konstytuującego zasadę zaufania do organów podatkowych. Niniejsze odniesienie należy traktować nie tylko jako postulat ustawodawcy wobec organów podatkowych, ale także jako przesłankę oceny ich działania. Postępowanie budzące zaufanie to postępowanie staranne i merytorycznie poprawne, w którym traktuje się równo interesy podatnika i Skarbu Państwa, a materialnoprawnych wątpliwości nie rozstrzyga się na niekorzyść podatnika.
