W obecnej praktyce podatkowej złożenie przez Podatnika do właściwego urzędu skarbowego wniosku o zwrot na rachunek bankowy nadwyżki podatku naliczonego w podatku od towarów i usług, skutkuje przeprowadzeniem u Podatnika momentami długotrwałej kontroli podatkowej za okres, którego dotyczy zwrot. Sądy administracyjne w swoich orzeczeniach wskazują na przesłanki warunkujące skuteczne przedłużanie terminu zwrotu różnicy podatku.
W świetle wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 21 października 2022 r. (sygn. akt III SA/Wa 736/22) w sprawie zgodności z prawem przedłużenia terminu do dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, jeżeli z obiektywnych przyczyn zwrot wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika, dokonywanego w ramach wymienionych w przepisie procedur. WSA w Warszawie wskazał, że „Jednym z warunków zgodnego z prawem przedłużenia terminu zwrotu VAT jest zachowanie ciągłości przedłużeń”. W praktyce oznacza to, że terminy określone w przepisach art. 87 ust. 2 i ust. 6 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. są terminami prawa materialnego, których upływ wywołuje skutek materialnoprawny w postaci nabycia przez podatnika prawa do zwrotu wnioskowanej a zarazem wynikającej z deklaracji podatkowej różnicy podatku. WSA w Warszawie w prezentowanym wyroku podkreśla, iż: „Utrwalone w orzecznictwie jest stanowisko, że skuteczne przedłużenie terminu możliwe jest jedynie przed jego upływem. Próba przedłużenia terminu po jego upływie nie jest skuteczna (…) W praktyce oznacza to, że po upływie terminu wskazanego w art. 87 ust. 2 i 6 u.p.t.u. nie może powstać ani na moment stan, w którym podatnik zwrotu nie otrzymuje, a w obrocie prawnym nie funkcjonuje postanowienie odsuwające w czasie ten zwrot. Innymi słowy, jeśli organ chce skutecznie zwrot wstrzymywać, musi wydać (oraz doręczyć) stosowne postanowienie przed upływem terminu 60-dniowego lub 25-dniowego, a następnie kolejne postanowienia każdorazowo przed upływem terminu wskazanego w akcie poprzednim.”
Również Naczelny Sąd Administracyjny w zaprezentowanym wyroku z dnia 22 stycznia 2021 r. (sygn. akt I FSK 1248/20) wskazuje, że: „Dopuszczalność przedłużenia terminu zwrotu podatku nie może być odczytywana jako blankietowe upoważnienie do opóźniania realizacji praw podatnika. Tym samym organy podatkowe, wykazując przesłanki zastosowania powołanego przepisu, powinny nie tylko wskazać na potrzebę zbadania określonych okoliczności (wskazując, jakie czynności w tym celu zostaną lub zostały podjęte), ale także wyjaśnić źródło zaistniałych wątpliwości. Innymi słowy, powinny wyjaśnić, co wzbudziło ich wątpliwość (np. wskazać na istniejące rozbieżności, czy nieścisłości lub braki w materiale dowodowym) i wytłumaczyć, dlaczego uznały, że istnieje potrzeba dalszej weryfikacji.” Dodatkowo w orzeczeniu z dnia 6 grudnia 2019 r. (sygn. akt I FSK 1827/19) NSA podkreśla, że: „Ocena, czy zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, nie może być dowolna i musi opierać się na odpowiednich przesłankach wynikających ze stanu faktycznego sprawy, to jednak nie chodzi przy tym o przesłanki, które mają charakter konkretnych dowodów świadczących o nieprawidłowościach w rozliczeniu, czy konkretnych zarzutów, które można postawić podatnikowi. Przedłużenie terminu zwrotu podatku nie może być utożsamiane z postępowaniem podatkowym, w którym organ wydaje decyzje w oparciu o zebrane dowody i ocenia je zgodnie z art. 191 o.p.”
Z tak ugruntowanej linii orzeczniczej sądów administracyjnych wynika, że brak jest zgody dla organów podatkowych na stosowanie dowolności i uznaniowości w zakresie rozpatrywania zwrotów podatku naliczonego nad należnym. Zdarza się tak, że nierzadko zaciera się granica pomiędzy weryfikacją zasadności zwrotu podatku a postępowaniem podatkowym przy czym należy pamiętać, że: „W postępowaniu weryfikacyjnym chodzi bowiem tylko o stwierdzenie wystąpienia okoliczności wskazujących na wątpliwości co do zasadności zwrotu, a nie udowodnienie bezzasadności tego zwrotu.”
