Zniesienie współwłasności należy do katalogu czynność opodatkowanych podatkiem od czynności cywilnoprawnych (PCC), jednak jedynie w części dotyczącej spłat lub dopłat. Podatek PCC jest pobierany przez notariusza w momencie sporządzania umowy w formie wymaganej przez obowiązujące przepisy (aktu notarialnego – jeśli dotyczy to np. nieruchomości). W przypadku zniesienia współwłasności w części dotyczącej spłat lub dopłat obowiązek podatkowy ciąży na podmiocie nabywającym rzeczy lub prawa majątkowe ponad udział we współwłasności. Stawka podatku wynosi 2%, a podstawę opodatkowania stanowi wartość rynkowa rzeczy lub prawa majątkowego nabytego ponad wartość udziału we współwłasności (czyli w praktyce wartość spłaty wypłaconej pozostałym współwłaścicielom pod warunkiem, że odzwierciedla ona wartość rynkową, a nie wartość całej nieruchomości – por. wyrok NSA z 12.10.2016 r., II FSK 2718/14). Istotne jest zatem określenie wartości rynkowej udziału w nieruchomości. Umożliwia ono sprecyzowanie wartości spłaty przysługującej dotychczasowym współwłaścicielom. Zobowiązanym do uregulowania należności wynikającej z podatku PCC będzie współwłaściciel nabywający udział w nieruchomości ponad ten posiadany. Co ważne, 2% stawka podatku naliczana jest od nadwyżki ponad udział, a nie od wartości całej nieruchomości. Wartość rynkowa udziału może się zaś znacząco różnić od wartości całej nieruchomości. Dzieje się tak choćby w sytuacji, gdy ze sprzedaży łatwiej jest osiągnąć wyższą cenę przy sprzedaży całości niż części ułamkowej np. budynku czy lokalu.
