W przypadku dokonania płatności z zastosowaniem mechanizmu podzielonej płatności w świetle planowanej nowelizacji podatnik nie poniesie konsekwencji na gruncie podatków dochodowych, nawet jeżeli zapłata zostałaby dokonana na rachunek spoza wykazu podatników VAT.
Projektowana nowelizacja (druk sejmowy 207) w ustawach o podatkach dochodowych oraz Ordynacji podatkowej przewidują możliwość niestosowania przepisów dotyczących zwiększania przychodów lub wyłączania z kosztów uzyskania przychodów w podatkach dochodowych w przypadku dokonania płatności z zastosowaniem mechanizmu podzielonej płatności.
Planuje się wprowadzenie regulacji, zgodnie z którą w przypadku dokonania płatności z zastosowaniem mechanizmu podzielonej płatności podatnik nie ponosiłby konsekwencji na gruncie podatków dochodowych, nawet jeżeli zapłata zostałaby dokonana na rachunek spoza wykazu podatników VAT. Proponowane sposoby uwolnienia się podatników od negatywnych skutków dokonania zapłaty należności na te rachunki byłyby sposobem alternatywnym od wprowadzonej już w przepisach możliwości uwalniania się od takich skutków przez zawiadamianie właściwego naczelnika urzędu skarbowego o dokonaniu zapłaty należności na rachunek inny niż zamieszczony w wykazie podatników VAT.