Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 27 marca 2023 r. o sygn. akt I FPS 2/22 wskazał, że wstrzymanie i zawieszenie biegu terminów w okresie trwania pandemii tj. od 31 marca do 23 maja 2020 r. nie miało wpływu na bieg przedawnienia zobowiązań podatkowych.
Jak wynika z dotychczasowego orzecznictwa sądów administracyjnych zauważalne były dwa stanowiska dot. interpretacji art. 15zzr ust. 1 ustawy z dnia 2 marca 2020 r. o szczególnych rozwiązaniach związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem COVID-19, innych chorób zakaźnych oraz wywołanych nimi sytuacji kryzysowych (t.j. Dz.U.2021.2095).
W świetle pierwszego stanowiska pojęcie prawa administracyjnego obejmuje również przepisy prawa podatkowego. Sądy w orzeczeniach odwoływały się do wykładni językowej, historycznej, celowościowej, funkcjonalnej i prokonstytucyjnej, zaznaczając, że regulacje art. 15zzr ust. 1 ustawy mają charakter ochronny. Dodatkowo wskazywały, że w okresie trwania pandemii, priorytetem jest ochrona zdrowia obywateli, tym samym jak wskazane zostało w Biuletynie Informacji Publicznej RPO: odebranie podatnikowi prawa do zawieszenia biegu terminu przepisu prawa podatkowego, w tym przypadku 6-miesięcznego terminu decydującego o skorzystaniu ze zwolnienia podatkowego, byłoby w kontrze do konieczności respektowania zasad konstytucyjnych, m.in. zasady zaufania obywatela do państwa i stanowionego przez nie prawa. (np. w podatku od spadków i darowizn).
Z kolei zgodnie z drugim stanowiskiem prawo podatkowe nie jest składową prawa administracyjnego. Sądy orzekły, że bieg terminu przedawnienia w prawie podatkowym, w tym przedawnienia zobowiązania podatkowego, nie został wstrzymany, ani zawieszony na podstawie art. 15zzr ust. 1 ustawy. Sądy administracyjne z reguły prezentują wykładnię korzystną dla podatnika, odwołując się do celu wprowadzenia tej regulacji, jaką była ochrona prawna uczestników obrotu prawnego. Natomiast w sprawach dotyczących przedawnienia zobowiązania podatkowego (gdzie w interesie organu jest wydłużenie tego terminu), na podstawie art. 15zzr ust. 1 ustawy, organy niekonsekwentnie przyjmują, że bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego ulega zawieszeniu. Orzecznictwo sądów administracyjnych w tym zakresie jest podzielone. Jak wskazał Rzecznik, „stanowisko organów podatkowych, raz oparte na założeniu, że sporny art. 15zzr ust. 1 ustawy COVID-19 nie znajduje zastosowania do zawieszenia biegu terminów przepisów prawa podatkowego z uwagi na autonomię prawa podatkowego, a innym razem uznające, że przepis ten odnosi się do regulacji podatkowych, w zależności od stanu faktycznego danej sprawy, jest wyrazem rozstrzygania istniejących wątpliwości przy pomocy wykładni „in dubio pro fisco”, zamiast „in dubio pro tributario”. Wzbudza również istotne wątpliwości z punktu widzenia art. 2 Konstytucji.”
Siedmioosobowy skład NSA wskazał, że art. 15zzr ust. 1 pkt 3 ustawy nie dotyczy wstrzymania rozpoczęcia i zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych. W uzasadnieniu uchwały sąd podkreślił, że uchwała dotyczy konkretnej sprawy i ogranicza się tylko do pkt 3 spornego przepisu. Jak wskazał NSA, sporna kwestia wymagała rozgraniczenia materialnego prawa administracyjnego i materialnego prawa podatkowego. Jak wynika z piśmiennictwa oraz orzecznictwa prawo podatkowe są autonomiczne – tym samym występuje odrębność prawa podatkowego i administracyjnego.