Zgodnie z najnowszym wyrokiem Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej (TSUE) z dnia 14 maja 2020 o sygnaturze: C?446/18 organ podatkowy jest zobowiązany, gdy podatnik powołuje się na istnienie niespornej części nadwyżki podatku od towarów i usług w ramach postępowania w sprawie kontroli podatkowej, do zwrotu lub przeniesienia jedynie tej części nadwyżki, którą jest w stanie, biorąc pod uwagę wątpliwości podniesione przez niego w ramach tego postępowania i w świetle istotnych okoliczności danej sprawy, określić w sposób jasny, precyzyjny i jednoznaczny, niezależnie od wyniku tego postępowania, w odniesieniu do całego okresu rozliczeniowego będącego przedmiotem pierwotnej deklaracji VAT.
Taki obowiązek zwrotu lub przeniesienia, ze względu na to, że odnosi się do konkretnego okresu rozliczeniowego, powinien zatem istnieć nie tylko w odniesieniu do kwot podatku należnego i podatku podlegającego odliczeniu odpowiadającego transakcjom nieobjętym danym postępowaniem w sprawie kontroli podatkowej, zidentyfikowanym przez organ podatkowy jako niesporne, lecz w odniesieniu do części nadwyżki podatku od towarów i usług, która pozostanie niezależnie od wyniku tego postępowania i która jako jedyna ostatecznie może zostać uznana za niesporną. W tym względzie należy zauważyć, że ta niesporna część nadwyżki może w danym wypadku być niższa od części nadwyżki żądanej przez podatnika i odnoszącej się do wspomnianych kwot, uznanych przez organy podatkowe za niesporne.
Omawiana sprawa dotyczyła spółki czeskiej Agrobet, która w lutym 2016 r. złożyła dwie deklaracje VAT za okresy rozliczeniowe dotyczące grudnia 2015 r. i stycznia 2016 r., wykazując nadwyżki podatku od towarów i usług. Mając poważne wątpliwości co do prawidłowości transakcji dotyczących oleju rzepakowego, dokonanych przez Agrobet w trakcie tych dwóch okresów rozliczeniowych, urząd skarbowy wszczął postępowania w sprawie kontroli podatkowej ograniczone jedynie do tych transakcji. W szczególności ze względu na to, że zgodnie z ustaleniami dokonanymi przez ten urząd skarbowy olej rzepakowy pochodzący z Polski był sprzedawany w Czechach w niezmienionej postaci, a następnie ponownie dostarczany do Polski przez Agrobet, urząd ten zastanawiał się, czy zostały spełnione przesłanki konieczne do tego, aby Agrobet mogła skorzystać ze zwolnienia z podatku od towarów i usług z tytułu dostaw oleju rzepakowego i odliczyć podatek naliczony od związanych z tym zakupów. Czeski fiskus wszczął już takie postępowania w odniesieniu do okresów rozliczeniowych dotyczących października i listopada 2015 r.
Spółka oponowała przeciwko wstrzymaniu całego zwrotu podatku. Podnosiła, że urząd skarbowy ma obiekcje wyłącznie do niewielkiej części zadeklarowanej nadwyżki podatku. Tak więc wstrzymanie wypłaty całej kwoty nadwyżki do czasu zakończenia kontroli Zatrzymanie całej kwoty, aż do czasu zakończenia kontroli, spółka uznała za nieproporcjonalne obciążenie.
TSUE podkreślił jednak, że w niniejszej sprawie do sądu odsyłającego należy zbadanie, czy w świetle dowodów dostarczonych ewentualnie przez Agrobet organ podatkowy zidentyfikował lub powinien był zidentyfikować w sposób jasny, precyzyjny i jednoznaczny na jakimkolwiek etapie rozpatrywanego postępowania w sprawie kontroli podatkowej istnienie niespornej części tej nadwyżki i czy w szczególności organ ten ustalił lub powinien był ustalić, że kwoty podatku należnego i podatku podlegającego odliczeniu odpowiadające transakcjom nieobjętym tym postępowaniem prawdopodobnie nie będą się już różnić, przed zakończeniem tego postępowania, od kwot zadeklarowanych przez podatnika.
Ponadto Trybunał podniósł, że: ?Sąd ten powinien ponadto zbadać, czy organ podatkowy był lub powinien był być w stanie, biorąc pod uwagę wątpliwości podniesione przez niego przy okazji tego postępowania i w świetle wszystkich dokumentów postępowania oraz istotnych okoliczności sprawy, ustalić w ten sam sposób, że nadwyżka VAT, której kwota może być niższa od kwoty odnoszącej się do transakcji nieobjętych kontrolą, pozostanie utrzymana bez względu na wynik tego postępowania. Taka weryfikacja powinna w szczególności uwzględniać ewentualne sankcje, na które podatnik mógłby zostać narażony w przypadku częściowego lub tymczasowego zwrotu części wnioskowanej nadwyżki VAT, jeżeli kontrola podatkowa zakończy się pomyślnie. Jeżeli organ podatkowy nie był w stanie dokonać tych ustaleń, nie można mu zarzucać, że odmówił wydania częściowej decyzji podatkowej przed zakończeniem rozpatrywanego postępowania w sprawie kontroli podatkowej?.
Podsumowując: art. 179, art. 183 i art. 273 Dyrektywy Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej, odczytywane w świetle zasady neutralności podatkowej, należy interpretować w ten sposób, że nie sprzeciwiają się one przepisom krajowym, które przed zakończeniem postępowania w sprawie kontroli podatkowej dotyczącej deklaracji VAT wykazującej nadwyżkę za dany okres rozliczeniowy, nie przewidują możliwości przyznania przez organy podatkowe zwrotu części tej nadwyżki, która odnosi się do transakcji nieobjętych tym postępowaniem w chwili jego wszczęcia, pod warunkiem że nie jest możliwe ustalenie w sposób jasny, precyzyjny i jednoznaczny, że nadwyżka podatku od towarów i usług, której kwota może być ewentualnie niższa od kwoty odnoszącej się do transakcji nieobjętych tym postępowaniem, pozostanie utrzymana bez względu na wynik tego postępowania, czego zbadanie należy do sądu odsyłającego.
