Nowe zasady składania deklaracji w trakcie i po kontroli celno-skarbowej

Z dniem 1 października 2025 r. wejdzie w życie ustawa z 24 czerwca 2025 r. o zmianie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej oraz ustawy o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2025 r. poz. 894). Nowelizacja wprowadza istotne zmiany dotyczące możliwości składania deklaracji podatkowych w trakcie oraz po zakończeniu kontroli celno-skarbowej.

Obowiązujące do dnia 30 września 2025 r. przepisy uprawniają kontrolowanego do złożenie korekty deklaracji w terminie 14 dni od doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli. Po zmianach podatnik zyska również możliwość złożenia zaległej deklaracji, jeżeli wcześniej jej nie złożył.

Zgodnie z art. 62 ust. 4 ustawy o KAS w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 października 2025 r., kontrolowanemu przysługuje uprawnienie do złożenia deklaracji lub korekty deklaracji w zakresie objętym tą kontrolą w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej. Deklaracja i korekta deklaracji złożone po upływie tego terminu, a przed zakończeniem kontroli celno-skarbowej nie wywołują skutków prawnych.

Naczelnik urzędu skarbowego właściwy dla kontrolowanego niezwłocznie informuje naczelnika urzędu celno-skarbowego prowadzącego kontrolę celno-skarbową o złożonej deklaracji lub korekcie deklaracji (art. 62 ust. 4a ustawy o KAS).

W przypadku gdy naczelnik urzędu celno-skarbowego uwzględnił złożoną przez kontrolowanego deklarację lub korektę deklaracji, kontrolowanemu doręcza się zawiadomienie o uwzględnieniu deklaracji lub korekty deklaracji. Zawiadomienie o uwzględnieniu deklaracji lub korekty deklaracji przesyła się do właściwego dla kontrolowanego naczelnika urzędu skarbowego (art. 62 ust. 4abustawy o KAS).

Doręczenie kontrolowanemu zawiadomienia o uwzględnieniu deklaracji lub korekty deklaracji kończy kontrolę celno-skarbową. W tym przypadku przepisów art. 82 ust. 1-5 nie stosuje się (art. 62 ust. 4c ustawy o KAS).

Nowelizacja umożliwia również złożenie zaległej deklaracji po zakończeniu kontroli, w terminie 14 dni od doręczenia wyniku kontroli, w sytuacji gdy podatnik wcześniej nie rozliczył podatku.

W myśl art. 82 ust. 3 ustawy o KAS w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 października 2025 r., w terminie 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli kontrolowany może złożyć deklarację lub korektę deklaracji, jeżeli zgadza się w całości albo w części z nieprawidłowościami stwierdzonymi w wyniku kontroli. Deklaracja i korekta deklaracji złożone po upływie tego terminu, a przed doręczeniem postanowienia, o którym mowa w art. 83 ust. 3, nie wywołują skutków prawnych.

Uprawnienie do korekty deklaracji przysługuje nadal po zakończeniu kontroli celno-skarbowej, jeżeli w wyniku tej kontroli nie stwierdzono nieprawidłowości albo organ uwzględnił złożoną deklarację lub korektę deklaracji, o których mowa w ust. 3 (art. 82 ust. 4 ustawy o KAS).

Zgodnie z art. 83 ust 1 ustawy o KAS w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 października 2025 r., przypadku stwierdzenia nieprawidłowości w zakresie, o którym mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1, zakończona kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe, jeżeli:

1)   kontrolowany nie złożył deklaracji lub korekty deklaracji, o których mowa w art. 82 ust. 3, albo

2)   organ nie uwzględnił złożonej deklaracji lub korekty deklaracji, o których mowa w art. 82 ust. 3, albo

2a) kontrolowany złożył deklarację lub korektę deklaracji, o których mowa w art. 82 ust. 3, w których zgodził się w części z nieprawidłowościami stwierdzonymi w wyniku kontroli, i organ uwzględnił tę deklarację lub korektę deklaracji, albo

3)   organ uwzględnił złożoną deklarację lub korektę deklaracji, o których mowa w art. 82 ust. 3, i istnieją przesłanki do ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług lub do określenia kwoty podatku do zapłaty na podstawie art. 108 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług.

Nowelizacja doprecyzowuje również przepisy dotyczące obniżonej stawki sankcyjnej VAT. Po zmianach stawka 15% będzie mogła być zastosowana również w przypadku złożenia deklaracji w terminie 14 dni od doręczenia upoważnienia do kontroli. Obecnie preferencyjna stawka dotyczy jedynie korekt deklaracji.