W debacie dotyczącej wdrożenia Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) pojawiła się teza, że również podatnicy zwolnieni z podatku od towarów i usług są objęci powszechnym obowiązkiem posługiwania się tym systemem. Pogląd ten wymaga jednak istotnego uściślenia, ponieważ zarówno obecne przepisy, jak i praktyka obrotu gospodarczego wskazują na znacznie bardziej zróżnicowany zakres obowiązków. Punktem wyjścia powinien być art. 106b ust. 2 ustawy o VAT, zgodnie z którym podatnik nie jest obowiązany do wystawienia faktury w odniesieniu do sprzedaży zwolnionej od podatku. Oznacza to, że zasadą w przypadku podatników korzystających ze zwolnienia – zarówno podmiotowego, jak i przedmiotowego – jest brak obowiązku fakturowania. Już na tym etapie widać, że automatyczne przypisywanie tej grupie podatników obowiązków związanych z KSeF jest uproszczeniem, które nie znajduje potwierdzenia w przepisach. Obowiązek wystawienia faktury może powstać na żądanie nabywcy, jednak również w tym przypadku konieczne jest rozróżnienie praktyczne. Nie każde żądanie dokumentu sprzedaży oznacza żądanie faktury. W wielu sytuacjach nabywcy oczekują wystawienia rachunku, który nie jest fakturą w rozumieniu ustawy o VAT. Wystawienie rachunku nie rodzi obowiązku korzystania z KSeF, co pozwala podatnikom dokonującym czynności zwolnione z VAT funkcjonować poza systemem w znacznej części obrotu. Art. 87 Ordynacji podatkowej reguluje obowiązek wystawiania rachunków przez podatników prowadzących działalność gospodarczą. Zasadą jest, że rachunek wystawia się wyłącznie na żądanie nabywcy towaru lub usługi. Rachunek powinien potwierdzać dokonanie sprzedaży towaru albo wykonanie usługi. Przepis paragrafu 14 Rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 sierpnia 2005 r. w sprawie naliczania odsetek za zwłokę oraz opłaty prolongacyjnej, a także zakresu informacji, które muszą być zawarte w rachunkach stanowi, że podstawowe elementy jakie musi zawierać rachunek to: dane sprzedawcy i kupującego, data wystawienia, numer rachunku, określenie rodzaju i ilości towarów lub usług, a także ogólna suma należności wyrażona liczbowo i słownie. Należy zaznaczyć. iż powyższego wynika, że podatnik musi dostosować się do żądania nabywcy. Podatnik nie może wystawić faktury przy żądaniu przez nabywcę rachunku, gdyż naraża się na odpowiedzialność z art. 62 § 1 KKS.
Istotnego uściślenia wymaga także kwestia odbioru faktur przez podatników zwolnionych z VAT w przypadkach określonych w art. 106gb ust. 4 ustawy o VAT. Zgodnie z przepisem fakturę ustrukturyzowaną należy bowiem przekazać nabywcom w sposób wcześniej z nim uzgodniony. Samo pojawienie się faktury w KSeF co do zasady nie wpływa na rozpoczęcie biegu terminu płatności wobec nabywcy. Inaczej będzie tylko wtedy, gdy strony wyraźnie ustalą w umowie, że termin płatności zaczyna biec od momentu udostępnienia faktury w KSeF. Zasada ta obejmuje przypadki wskazane w art. 106gb ust. 4 ustawy o VAT zarówno wobec (1) podatników bez NIP, (2) podatników posiadających NIP, jednakże nie używających go do danej transakcji jak i (3) podatników mających NIP i używających do danej transakcji.
Ustawodawca nie przewidział sankcji za brak odebrania faktury za pośrednictwem KSeF. Jeżeli podatnik wskazany w art. 106gb ust. 4 ustawy o VAT nie uzgodnił z nabywcą zasad odbioru faktur poprzez KSeF, dla zachowania należytej ostrożności powinien przekazać nabywcy fakturę również w sposób tradycyjny. Zgodnie bowiem z umową i zwyczajami handlowymi od doręczenia faktury tradycyjnej będzie biec termin płatności. Wątpliwości podatników mogą pojawić się w przypadku przesłania tzw. wizualizacji faktury z KSeF, ponieważ doktryna prezentuje stanowisko, że tzw. wizualizacja nie stanowi faktury, przez co dostarczenie wizualizacji nie wywoływałoby skutków prawnych (w przeciwieństwie do dostarczenia faktury). Należy jednak nie zgodzić się z tym stanowiskiem, gdyż tzw. wizualizacja jest fakturą w formie tradycyjnej zgodnie z art. 106e ust 1 ustawy o VAT (w postaci papierowej bądź elektronicznej). Jednocześnie z art. 106na ust. 4 ustawy o VAT, wynika, że w przypadku udostępnienia faktury ustrukturyzowanej nabywcy, o którym mowa w art. 106gb ust. 4 ustawy o VAT, w sposób inny niż przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur, za datę otrzymania tej faktury uznawać się będzie datę jej faktycznego otrzymania przez tego nabywcę.