Skutki podatkowe wystawienia faktur poza Krajowym Systemem e-Faktur

W dniu 4 marca 2025 r. Dyrektor KIS wydał interpretację indywidualną sygn. 0114-KDIP1-3.4012.838.2024.1.MPA dotyczącą prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur zakupowych wystawionych bez użycia KSeF.

Zgodnie z opisem zdarzenia przyszłego Wnioskodawca (Spółka) prowadzi działalność gospodarczą i jest czynnym podatnikiem VAT w Polsce. W ramach tej działalności nabywa od polskich dostawców będących również czynnymi podatnikami VAT różne towary i usługi, które służą czynnościom uprawniającym do odliczenia podatku naliczonego. Nabycia te są dokumentowane fakturami zawierającymi VAT w złotych (dalej: Faktury Zakupowe).

Od dnia 1 lutego 2026 r. dostawcy objęci obowiązkiem korzystania z KSeF powinni wystawiać takie faktury wyłącznie w formie ustrukturyzowanej. Spółka nie może jednak wykluczyć, że niektóre Faktury Zakupowe będą wystawiane poza KSeF – np. z powodu błędnego uznania przez dostawcę, że nie posiada w Polsce stałego miejsca prowadzenia działalności, lub powołania się na rzekome problemy techniczne z KSeF.

W związku z powyższym Wnioskodawca zwrócił się z pytaniem czy będzie mu przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych wystawionych na rzecz Spółki przez Dostawców, również w przypadku gdy – wbrew obowiązkowi – Faktura Zakupowa, z której będzie wynikał podatek naliczony, zostanie wystawiona bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur?

Zdaniem Wnioskodawcy, w opisanym zdarzeniu przyszłym Wnioskodawcy będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z przedmiotowych faktur.

Dyrektor KIS uznał stanowisko Wnioskodawcy za prawidłowe, w uzasadnieniu interpretacji wskazał, że podstawą do skorzystania z prawa do odliczenia podatku naliczonego nie jest forma, lecz treść i okoliczności towarzyszące transakcji. Oznacza to, że faktura wystawiona poza KSeF, jeśli dokumentuje rzeczywiste nabycie towaru lub usługi przez podatnika, związanego z czynnościami opodatkowanymi, stanowi podstawę do odliczenia podatku naliczonego. W uzasadnieniu Dyrektor KIS podkreślił, że „(…) jedną z fundamentalnych zasad konstrukcji podatku od towarów i usług jest prawo podatnika do odliczenia podatku zapłaconego w cenie przy nabyciu towarów i usług związanych z działalnością gospodarczą. Podstawowa zasada wspólnego systemu VAT, jaką jest zasada neutralności podatku, jest rozumiana jako stosowanie podatku od towarów i usług na wszystkich etapach obrotu gospodarczego z równoczesnym prawem do potrącenia podatku zawartego w poprzedniej fazie obrotu. Wszelkie ograniczenia prawa do odliczenia podatku naliczonego wpływają na neutralność tego podatku i mogą wynikać jedynie z wyraźnej regulacji ustawowej.

Analiza powołanego art. 88 ustawy prowadzi do wniosku, że w dyspozycji tego przepisu, jako przesłanki wyłączającej prawo nabywcy (podatnika) do odliczenia podatku naliczonego, nie ujęto przypadku, gdy podatek naliczony wynika z faktur dokumentujących nabycie towarów i usług, które zostały wystawione wbrew obowiązkowi, bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur.

Należy podkreślić, że celem faktury jest przede wszystkim udokumentowanie rzeczywistego przebiegu zdarzeń gospodarczych, zarówno pod względem przedmiotu transakcji, jak i podmiotów biorących w niej udział. Z powyższego wynika, że o prawidłowości faktur wystawianych i otrzymywanych przez podatników powinny decydować przede wszystkim ustalenia, czy dokumenty te potwierdzają rzeczywiste transakcje handlowe między określonymi podmiotami.

W tym miejscu należy jeszcze raz wskazać, że prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktury uzależnione jest od spełnienia warunków wynikających z przepisu art. 86 ust. 1 ustawy, a także od niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy. Przepis art. 88 ustawy enumeratywnie określa listę przypadków, w których podatnik został pozbawiony prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Jednakże nie wymienia opisanego we wniosku przypadku, gdy podatek naliczony wynika z faktur dokumentujących nabycie towarów i usług, wystawionych wbrew obowiązkowi, bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur jako przesłanki negatywnej, powodującej utratę prawa do odliczenia podatku naliczonego (w sytuacji, gdy faktura odzwierciedla prawdziwe zdarzenie gospodarcze).

Mając na uwadze powołane przepisy prawa w kontekście przedstawionego opisu sprawy stwierdzić należy, że Spółce (czynnemu podatnikowi podatku VAT) będzie przysługiwało – na podstawie art. 86 ust. 1 bądź art. 86 ust. 1 pkt 8 ustawy – prawo do odliczenia kwoty podatku naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych dokumentujących nabycie towarów i usług wystawionych wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, wykorzystywanych przez Spółkę do czynności opodatkowanych w ramach prowadzonej działalności gospodarczej. Wystawienie Faktur Zakupowych wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, nie pozbawia Państwa prawa do odliczenia podatku naliczonego, gdyż nie stanowi to negatywnej przesłanki, uniemożliwiającej odliczenie tego podatku, wymienionej w art. 88 ustawy.

Powyższe wynika z faktu, że dla istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktury (nawet w przypadku wskazanym wyżej), obok fundamentalnych przesłanek takich jak status odliczającego jako czynnego, zarejestrowanego podatnika VAT i związek zakupionych towarów i usług z czynnościami opodatkowanymi (u odliczającego) i faktycznie zrealizowana transakcja, to również najistotniejsze jest to, by nabyta usługa lub towar podlegały opodatkowaniu i nie korzystały przy tym ze zwolnienia od tego podatku. Ponadto prawo do odliczenia przysługuje również, jeżeli importowane lub nabyte towary i usługi dotyczą dostawy towarów lub świadczenia usług przez podatnika poza terytorium kraju, jeżeli kwoty te mogłyby być odliczone, gdyby czynności te były wykonywane na terytorium kraju, a podatnik posiada dokumenty, z których wynika związek odliczonego podatku z tymi czynnościami. Prawidłowe wystawienie faktury papierowej, elektronicznej czy ustrukturyzowanej pod kątem formalnym i materialnym, stanowi spełnienie jednej z przesłanek do skorzystania z prawa do odliczenia. Jej wystawienie bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur nie powoduje jednak tego, że wadliwie wystawiony dokument nie stanowi dowodu istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego”.