Należy zauważyć, że nierzadko organy podatkowe nadużywają instytucji przedłużenia terminu zwrotu podatku bez podejmowania jakichkolwiek czynności mających na celu dążenie do możliwie wnikliwego i szybkiego wyjaśnienia sprawy. Takie zachowanie organów podatkowych jest przejawem nadużywania i nieprzestrzegania fundamentalnych zasad postępowania podatkowego.
W orzecznictwie podkreśla się wyjątkowy i szczególny charakter instytucji przedłużenia terminu zwrotu podatku jako odstępstwa od zasady neutralności VAT, co implikuje stwierdzenie, że takie przedłużenie dopuszczalne jest jedynie wtedy, gdy zachodzą istotne (uzasadnione) wątpliwości co do zasadności zwrotu. Dodatkowo, jak wynika z orzecznictwa sądów administracyjnych, w tym m.in. wyroku NSA z dnia 4 grudnia 2020 r.: „[…] nie mogą być uznane za okoliczności nakazujące dodatkowe weryfikowanie zasadności zwrotu VAT: niezakończenie prowadzonej weryfikacji w ramach przewidzianego trybu, w tym w ramach kontroli podatkowej, wystąpienie do kontrahenta o potwierdzenie dokonanych transakcji, ani oczekiwanie przez organ podatkowy na odpowiedź obcych organów administracji podatkowych, czy też na wyniki kontroli podatkowych prowadzonych wobec kontrahentów strony. Czynności te mogą co prawda wskazywać na szeroko zakrojone postępowanie wyjaśniające lecz, jako takie, same w sobie nie podważają, ani nie podają w wątpliwość, zasadności zwrotu VAT” – sygn. akt I FSK 994/20.
Z niniejszego wyroku wynika, że organy nie powinny w sztuczny sposób przedłużać terminu zwrotu podatku, powołując się na okoliczności dotyczące podmiotów trzecich względem podatnika, i prowadzić pewnego rodzaju postępowania podatkowego w ramach zwrotu kwoty nadwyżki podatku naliczonego.
Takie stanowisko przedstawił NSA w wyroku z dnia 6 grudnia 2019 r.: „Chociaż ocena, czy zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, nie może być dowolna i musi opierać się na odpowiednich przesłankach wynikających ze stanu faktycznego sprawy, to jednak nie chodzi przy tym o przesłanki, które mają charakter konkretnych dowodów świadczących o nieprawidłowościach w rozliczeniu, czy konkretnych zarzutów, które można postawić podatnikowi. Przedłużenie terminu zwrotu podatku nie może być utożsamiane z postępowaniem podatkowym, w którym organ wydaje decyzje w oparciu o zebrane dowody i ocenia je zgodnie z art. 191 O.p.
Jak wskazują sądy administracyjne, przedłużenie terminu zwrotu musi mieć uzasadnienie w konkretnych okolicznościach faktycznych sprawy, w wątpliwościach pozostałych do wyjaśnienia każdorazowo przy przedłużaniu terminu zwrotu podatku, a istniejących na dzień przedłużenia tego terminu.
W świetle wyroku NSA z dnia 22 stycznia 2021 r.: „Dopuszczalność przedłużenia terminu zwrotu podatku nie może być odczytywana jako blankietowe upoważnienie do opóźniania realizacji praw podatnika. Tym samym organy podatkowe, wykazując przesłanki zastosowania powołanego przepisu, powinny nie tylko wskazać na potrzebę zbadania określonych okoliczności (wskazując, jakie czynności w tym celu zostaną lub zostały podjęte), ale także wyjaśnić źródło zaistniałych wątpliwości. Innymi słowy, powinny wyjaśnić, co wzbudziło ich wątpliwość (np. wskazać na istniejące rozbieżności, czy nieścisłości lub braki w materiale dowodowym) i wytłumaczyć, dlaczego uznały, że istnieje potrzeba dalszej weryfikacji” – sygn. akt I FSK 1248/20.
Tym samym jeśli w danej sprawie brak jest jakichkolwiek dokładnych informacji pozwalających na nieustanne przedłużanie i prolongowanie zwrotu podatku, to takie działanie organu podatkowego ingeruje w prawo do zwrotu nadwyżki VAT, a więc w prawo będące podstawową cechą konstrukcyjną tego podatku, co za tym idzie – w zasadę neutralności i proporcjonalności – Wyroki Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej: z dnia 25 października 2001 r. w sprawie C-78/00 Komisja v. Republika Włoska, ECLI:EU:C:2001:579; z dnia 18 października 2012 r. w sprawie C-525/11 Mednis SIA v. Valst sieņēmumu dienests.
Należy podkreślić, że korzystanie z możliwości przedłużenia terminu zwrotu podatku, jako odstępstwo od zasady zwrotu w terminie określonym ustawowo, powinno być zatem zastrzeżone dla sytuacji wyjątkowych, w których prawo podatnika musi ustąpić ochronie interesów budżetowych państwa. W przypadku zastosowania takiej instytucji organ podatkowy powinien w wyczerpujący sposób uzasadnić, tak by nie było wątpliwości, że w danej sprawie rzeczywiście istnieje konieczność dokonania dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu różnicy podatku zgodnie z art. 87 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r.
